Pemikiran serta aktivitas politik Misbach membuatnya berhadapan dengan pemerintah kolonial Belanda. Ia dikenal vokal dalam menyampaikan kritik dan membangun gerakan rakyat melalui organisasi maupun media massa.
Dalam perkembangannya, Misbach bergabung dengan gerakan komunis dan menjadi bagian dari dinamika politik kiri di Surakarta. Sikap antikolonialnya semakin kuat seiring keyakinannya bahwa penindasan terhadap rakyat harus dilawan melalui gerakan yang terorganisasi.
Pemerintah kolonial kemudian mengasingkannya ke Manokwari, Papua. Pengasingan tersebut menjadi bagian penting dari perjalanan hidupnya sekaligus menggambarkan bagaimana pemerintah kolonial menghadapi aktivis yang dianggap mengancam kekuasaannya.
Julukan Haji Merah kemudian melekat pada namanya karena perpaduan identitas keislaman dan orientasi politik komunis yang ia perjuangkan.
Kisah Haji Misbach memperlihatkan bahwa perjalanan pemikiran seseorang tidak selalu mengikuti garis yang sederhana. Pendidikan pesantren tidak secara otomatis menentukan pilihan politik seseorang sepanjang hidupnya. Pengalaman sosial, kondisi ekonomi, perjumpaan dengan gagasan baru, dan situasi politik dapat memengaruhi arah pemikiran seseorang.
Meski demikian, pengalaman Misbach tidak dapat digeneralisasi untuk seluruh santri atau kalangan pesantren. Ia merupakan tokoh dengan pilihan ideologis dan strategi perjuangan yang khas pada zamannya.
Sejarah Haji Misbach juga memperlihatkan bahwa gerakan antikolonial Indonesia memiliki beragam corak pemikiran. Ada yang menjadikan nasionalisme sebagai landasan, ada yang bergerak melalui organisasi Islam, dan ada pula yang menggunakan gagasan sosialisme atau komunisme.
Pada akhirnya, Haji Misbach menjadi salah satu figur penting untuk memahami persinggungan antara Islam, pemikiran kiri, dan perjuangan melawan kolonialisme di Indonesia. Terlepas dari perdebatan atas ideologinya, perjalanan hidupnya menunjukkan bagaimana seorang tokoh berlatar belakang pesantren mencoba menjawab persoalan ketidakadilan sosial melalui jalan pemikiran dan gerakan politik yang dipilihnya sendiri.